Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions

For reproducing the results presented in "Hashemi, A., Peljo, P., & Laasonen, K. (2022). Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions", this database provides the input files and CDFT-AIMD trajectory information. Please refer to the publication if you wish to use these data. ---------------------------------------**************------------------------------------------------- This study was financed by the Horizon 2020 Framework Programme CompBat with project number 875565. We also thank CSC-IT Center for Science Ltd. and Aalto Science-IT project for generous grants of computer time. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- The content of a directory is shown in a tree-like format: ├── 1DMDQ │   ├── 1_md │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   ├── dmdq-md-pos-1.xyz │   │   ├── md.inp │   │   ├── pos.xyz │   │   ├── submit.sh │   │   └── subsys.inc │   ├── 2_cdftaimd │   │   ├── state_a │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   ├── state_b │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   └── subsys.inc │   │   └── state_c │   │       ├── becke_twoconstraints.inc │   │       ├── cdft_md.bash │   │       ├── cdft_md.inp │   │       ├── dft-common-params.inc │   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │       └── subsys.inc │   └── 3_cdft_wH2O_sccs │       ├── state_a │       │   ├── framePrint.py │       │   ├── input_files │       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   └── subsys.inc │       │   └── README │       ├── state_b │       │   ├── b_to_a.tar.gz │       │   └── b_to_c.tar.gz │       └── state_c │           ├── framePrint.py │           ├── input_files │           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │           │   ├── becke_twoconstraints.inc │           │   ├── dft-common-params.inc │           │   ├── energy_cdft.inp │           │   ├── energy_mixed_cdft.inp │           │   └── subsys.inc │           └── README ├── 2MeVi │   ├── 1_md │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   ├── md.inp │   │   ├── mevi-md-pos-1.xyz │   │   ├── pos.xyz │   │   ├── submit.sh │   │   └── subsys.inc │   ├── 2_cdftaimd │   │   ├── state_a │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   └── subsys.inc │   │   ├── state_b │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   └── state_c │   │       ├── becke_twoconstraints.inc │   │       ├── cdft_md.bash │   │       ├── cdft_md.inp │   │       ├── dft-common-params.inc │   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │       ├── frame.xyz │   │       └── subsys.inc │   └── 3_cdft_wH2O_sccs │       ├── state_a │       │   ├── framePrint.py │       │   ├── input_files │       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   └── subsys.inc │       │   └── README │       ├── state_b │       │   ├── b_to_a │       │   │   ├── framePrint.py │       │   │   ├── input_files │       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   │   └── subsys.inc │       │   │   └── README │       │   └── b_to_c │       │       ├── framePrint.py │       │       ├── input_files │       │       │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │       │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │       │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │       │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │       │   ├── dft-common-params.inc │       │       │   ├── energy_cdft.inp │       │       │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │       │   └── subsys.inc │       │       └── README │       └── state_c │           ├── framePrint.py │           ├── input_files │           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │           │   ├── becke_twoconstraints.inc │           │   ├── dft-common-params.inc │           │   ├── energy_cdft.inp │           │   ├── energy_mixed_cdft.inp │           │   └── subsys.inc │           └── README ├── 3OHVi │   ├── 1_md │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   ├── md.inp │   │   ├── ohvi-md-pos-1.xyz │   │   ├── pos.xyz │   │   ├── submit.sh │   │   └── subsys.inc │   ├── 2_cdftaimd │   │   ├── state_a │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   ├── state_b │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   └── state_c │   │       ├── becke_twoconstraints.inc │   │       ├── cdft_md.bash │   │       ├── cdft_md.inp │   │       ├── dft-common-params.inc │   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │       ├── frame.xyz │   │       └── subsys.inc │   └── 3_cdft_wH2O_sccs │       ├── state_a │       │   ├── framePrint.py │       │   ├── input_files │       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   └── subsys.inc │       │   └── README │       ├── state_b │       │   ├── b_to_a │       │   │   ├── framePrint.py │       │   │   ├── input_files │       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   │   └── subsys.inc │       │   │   └── README │       │   ├── b_to_a.tar.gz │       │   ├── b_to_c │       │   │   ├── framePrint.py │       │   │   ├── input_files │       │   │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   │   └── subsys.inc │       │   │   └── README │       │   └── b_to_c.tar.gz │       └── state_c │           ├── framePrint.py │           ├── input_files │           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │           │   ├── becke_twoconstraints.inc │           │   ├── dft-common-params.inc │           │   ├── energy_cdft.inp │           │   ├── energy_mixed_cdft.inp │           │   └── subsys.inc │           └── README ├── 4dBR5 │   ├── 1_md │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   ├── dmdq-md-pos-1.xyz │   │   ├── md.inp │   │   ├── pos.xyz │   │   ├── submit.sh │   │   └── subsys.inc │   ├── 2_cdftaimd │   │   ├── state_a │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   ├── state_b │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   └── state_c │   │       ├── becke_twoconstraints.inc │   │       ├── cdft_md.bash │   │       ├── cdft_md.inp │   │       ├── dft-common-params.inc │   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │       ├── frame.xyz │   │       └── subsys.inc │   └── 3_cdft_wH2O_sccs │       ├── state_a │       │   ├── framePrint.py │       │   ├── input_files │       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   └── subsys.inc │       │   └── README │       ├── state_b │       │   ├── b_to_a.tar.gz │       │   └── b_to_c.tar.gz │       └── state_c │           ├── framePrint.py │           ├── input_files │           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │           │   ├── becke_twoconstraints.inc │           │   ├── dft-common-params.inc │           │   ├── energy_cdft.inp │           │   ├── energy_mixed_cdft.inp │           │   └── subsys.inc │           └── README ├── 52HNQ │   ├── 1_md │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   ├── hnq-md-pos-1.xyz │   │   ├── md.inp │   │   ├── pos.xyz │   │   ├── submit.sh │   │   └── subsys.inc │   ├── 2_cdftaimd │   │   ├── state_a │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   ├── state_b │   │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │   │   │   ├── cdft_md.bash │   │   │   ├── cdft_md.inp │   │   │   ├── dft-common-params.inc │   │   │   ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │   │   ├── frame.xyz │   │   │   └── subsys.inc │   │   └── state_c │   │       ├── becke_twoconstraints.inc │   │       ├── cdft_md.bash │   │       ├── cdft_md.inp │   │       ├── dft-common-params.inc │   │       ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │   │       ├── frame.xyz │   │       └── subsys.inc │   └── 3_cdft_wH2O_sccs │       ├── state_a │       │   ├── framePrint.py │       │   ├── input_files │       │   │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │       │   │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │       │   │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │       │   │   ├── becke_twoconstraints.inc │       │   │   ├── dft-common-params.inc │       │   │   ├── energy_cdft.inp │       │   │   ├── energy_mixed_cdft.inp │       │   │   └── subsys.inc │       │   └── README │       ├── state_b │       │   ├── b_to_a.tar.gz │       │   └── b_to_c.tar.gz │       └── state_c │           ├── framePrint.py │           ├── input_files │           │   ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │           │   ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │           │   ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │           │   ├── becke_twoconstraints.inc │           │   ├── dft-common-params.inc │           │   ├── energy_cdft.inp │           │   ├── energy_mixed_cdft.inp │           │   └── subsys.inc │           └── README └── 6_n_H2O_effect_mevi     ├── 08h2o     │   ├── framePrint.py     │   ├── README     │   ├── state_a.tar.gz     │   └── state_b.tar.gz     ├── 10h2o     │   ├── framePrint.py     │   ├── README     │   ├── state_a.tar.gz     │   └── state_b.tar.gz     ├── 20h2o     │   ├── framePrint.py     │   ├── README     │   ├── state_a.tar.gz     │   └── state_b.tar.gz     ├── 40h2o     │   ├── framePrint.py     │   ├── README     │   ├── state_a.tar.gz     │   └── state_b.tar.gz     ├── 97h2o     │   ├── framePrint.py     │   ├── README     │   ├── state_a.tar.gz     │   └── state_b.tar.gz     └── fig3.png 74 directories, 301 files ------------------------------------------------------- There are 6 directories: 1DMDQ, 2MeVi, 3OHVi,   4dBR5,  52HNQ,  6_n_H2O_effect_mevi. Except for "6_n_H2O_effect_mevi", we see 3 subdirectories named 1_md, 2_cdftaimd, and 3_cdft_wH2O_sccs. The input files and AIMD trajectories can be found in 1_md. While 2_cdftaimd contains the CDFT-AIMD input files and trajectories. To reproduce snapshots and input files of 3_cdft_wH2O_sccs, follow the README files in the subdirectories. The directory "6_n_H2O_effect_mevi" contains the number of water effects (Figure 3 of the publication). Users are guided by README files once again.