SHARK - Växt- och mikrodjurplanktondata insamlad med Imaging FlowCytobots (IFCB) i svenska och närliggande vatten.

Provtagning sker antingen med hjälp av genomflödessystem på fartyg (t.ex. FerryBox) där Imaging Flowcytobot (IFCB) använder en del av flödet, eller på specifika platser in-situ där IFCB sänks ner i vattnet. Fler provtagningsmetoder är möjliga.

IFCB använder teknologi från flödescytometri samt högupplöst foto för att detektera partiklar i ett vattenprov. Partiklars former i bilderna identifieras till så noggrann taxonomisk nivå som möjligt (släkte- eller artnivå) med hjälp av AI, samt dess storlek och volym räknas ut med hjälp av mjukvara för bildanalys.

Analyser av biomassa, abundans och artsammansättning av växt- och mikrodjurplankton görs av följande anledningar:
- För att beskriva tidsmässiga trender samt förekomst av blomningar och dess intensitet
- För att beskriva arters rumsliga utbredning
- För att identifiera nyckelarter (t.ex. dominerande, skadliga, potentiellt främmande och/eller invasiva arter, samt indikatorarter)
- För att tillhandahålla grundläggande data för ekosystemanalyser, näringsvävsstudier, modellering, samt för åtaganden inom havsmiljödirektivet och vattendirektivet

Analysen följer dessa metoder:
- Maskininlärning: Sosik, H. M. and Olson, R. J. (2007), Automated taxonomic classification of phytoplankton sampled with imaging-in-flow cytometry. Limnol. Oceanogr: Methods 5, 204-216. http://github.com/hsosik/ifcb-analysis
- Kvalitetskontroll: Hayashi, K., Walton, J., Lie, A., Smith, J. and Kudela M. Using particle size distribution (PSD) to automate imaging flow cytobot (IFCB) data quality in coastal California, USA. In prep. http://github.com/kudelalab/PSD
- Dataprocessering: Anders Torstensson (2024). I 'R' FlowCytobot (iRfcb): Tools for Analyzing and Processing Data from the IFCB. R package version 0.3.10. https://doi.org/10.5281/zenodo.12533225. http://github.com/EuropeanIFCBGroup/iRfcb

Data är insamlad från Tångesund oceanografiska plattform vid Orust på svenska kusten år 2016 (IFCB110), och från R/V Svea (https://vocab.nerc.ac.uk/collection/C17/current/77SE/) från år 2022 och framåt (IFCB134). Fler provtagningsplattformar är möjliga.

Data lagras i Svenskt HavsARKiv (SHARK) av Sveriges meteorologiska och hydrologiska institut (SMHI).
Övervakningen utförs av Sveriges meteorologiska och hydrologiska institut.